Nik Adli Nik Abdul Aziz ditahan pada 4 Ogos 2001 mengikut Seksyen 73 (1) ISA di Ibu Pejabat Polis Kontinjen Kelantan kerana di dakwa terlibat dengan Kumpulan Militan Malaysia.

Menteri Keselamatan Dalam Negeri Malaysia ketika itu ialah Dr Mahathir Mohamad yang juga Perdana Menteri Malaysia. Rakyat Malaysia terkejut kerana ia melibatkan anak Musyidul Am PAS yang juga Menteri Besar Kelantan, Nik Abdul Aziz Nik Mat.

Tindakan menahan mereka juga berikutan serangan 911 terhadap World Trade Center di New York, Amerika Syarikat. Pihak Keselamatan Malaysia mendakwa mendapat risikan maklumat dan bertindak bagi membendung pekara seumpama itu daripada merebak ke Malaysia. Yazid Sufaat turut ditahan selepas itu.

Ada yang menyatakan KMM sebagai Kumpulan Militan Mujahideen yang mahu berjihad di Afghanistan. Ada antara mereka terlibat dengan perang antara agama di Maluku, [Indonesia]]. Mereka mendapat latihan membuat bom dan latihan ketenteraan di Afghanistan. Sumber inspirasi mereka ialah Osama bin Laden, seorang pemimpin spiritual yang karisma dan bertindak secara global.